A fajta eredete több mint 400 évre nyúlik vissza, amikor 1580. május 19-én döntés született egy hercegi ménes felállításáról a köves, karszt-tetőn fekvő Lipicán. A császári udvar számára kívántak itt kiváló, tűrőképes, a pompát, a gazdaságot minden jellegében mutató lovat előállítani. A tenyésztés spanyol lovakkal indult, de egész Európában kutattak olyan mének (de kancák) után is, amelyek a kívánt célt biztosítani látszottak.
A dán királyi ménesből az ugyancsak spanyol hátterű Plútó nevű mén került Lipicára. Követte ezt a mént a nápolyi királyság legjobb spanyol fajtájú méneséből származó Conversano. A csehországi Kladrubból a máig nagy értékűnek tartott Favory törzs alapítója érkezett. Favoryval együtt vásárolták meg a lipicai ménes számára az eredeti spanyol mén Maestosot is. Nápolyból származott a pej színű Neapolitano is, amelyet 13 évesen vették meg a lipicai ménes számára.
Az 1800-as évek elején a Lipicán kialakult ménes sem tudta magát távol tartani az előző évszázadok kiemelkedő tenyészhatású fajtájától az arabtól. A Siglavy törzsből származó arab mén bekerült a fajtába és Siglavy Capriola néven máig virágzó geneológiai vonalat alapított. Időközben kiegészült a lipicai törzs az Incitató és a Tulipan geneológiai vonalakkal. A világon ezt a 8 vonalát ismerik el a fajtának.
Az évszázadok viharaiban a ménes nem mindig folytathatta kívánatos, nyugodalmas életét. A háborúkban előforduló idegen kézre jutás félelme miatt a ménes többször kényszerült menekülésre. Többnyire Magyarországra 1809-1815 között 6 évet élt a ménes Mezőhegyesen. Az 1815-ös visszavonuláskor Mezőhegyesen maradtak az alkatban, tömegben meglévő pluszvariánsok. Mezőhegyesről 1873-ban költözik a lipicai fajtájú ménes Fogarasra, majd 1912 után Fogarasról is Bábolnára kerül. Az 1950-es évektől - először csikóévjáratokkal - indult meg a lipicai fajtájú lovak Bükk hegységbe telepítése. A csikókat 1959-ben követte az egész ménes. Évszázados kitérő után a fajta kialakulásához hasonló talaj és éghajlati körülmények közé tért vissza.